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Né dans une famille de marchand et de fonctionnaires, à la suite du décès de son père (vers 1483), il est adopté par son oncle maternel, l'évêque de Cracovie Lukas Watzelrode (ou Lucas Watzenrode). Celui-ci veille bien sur son neveu et s'assure qu'il fréquente les meilleures écoles et universités ; en 1491 il devient étudiant à l'université de Cracovie où il étudie les arts sans toutefois obtenir de diplôme. Avant de quitter Torun, son oncle le nomme chanoine de Frombork, on lui attribue surtout les responsabilités financières mais aucune responsabilité religieuse. Par la suite il se rend en Italie où il étudie le droit canonique et la médecine à l'université de Bologne, puis l'astronomie dans les cours de Domenico Maria Novara : Novara est un des premiers scientifiques à remettre en cause le système géocentrique de Ptolémée. L'intérêt de Copernic pour la géographie et l'astronomie est encouragé par son professeur. Les deux hommes observent ensemble de nombreuses occultations, éclipses...
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